Các tác dụng phụ phổ biến nhất của indinavir bao gồm:

• Rối loạn tiêu hóa (đau bụng, tiêu chảy, buồn nôn, nôn) [4]
• Khó chịu chung và mệt mỏi [4]
• Sỏi thận/sỏi tiết niệu (sự hình thành sỏi thận), đôi khi có thể dẫn đến tình trạng nghiêm trọng hơn bao gồm cả suy thận
• Thay đổi chuyển hóa bao gồm tăng lipid máu (tăng cholesterol hoặc triglyceride) và tăng đường huyết
• Thay đổi hình dạng cơ thể (loạn dưỡng mỡ), thông thường được gọi là "bụng Crix" [5]
• Tăng nồng độ Bilirubin [6], khiến da và các phần trắng của mắt chuyển sang màu vàng [7]
• Ức chế sản xuất oxit nitơ trong nước tiểu và có thể ức chế sản xuất oxit nitric.
• Bất thường thận, tăng bạch cầu vô trùng và giảm độ thanh thải creatinin.[8]
• Làm suy yếu chức năng nội mô ở những người đàn ông âm tính với HIV khỏe mạnh và có thể đẩy nhanh bệnh xơ vữa động mạch.[9]